Durante su “monarquía autoritaria” sofocó el accionar de dos grupos guerrilleros que pretendían desalojarlo del poder por las armas: uno encabezado por el PCP (Partido Comunista Paraguayo) y otro por los integrantes del PL (Partido Liberal) y el PRF (Partido Revolucionario Febrerista). El primero conformaba el FULNA (Frente Unido de Liberación Nacional) y el segundo por el “Movimiento 14 de mayo, ambos traicionados por algunos de sus integrantes que estaban al servicio del régimen estronista.
El final fáctico de su gobierno, se inició en la noche del 2 de febrero de 1989, día de la Virgen de la Candelaria. Así, al amanecer del 3 de febrero de 1989, el Gral. de ejército Alfredo Stroessner ya estaba arrestado en la Caballería por orden de su consuegro, el entonces general de división Andrés Rodríguez, quien había comandado el golpe la noche anterior y quien asumió el poder esa misma tarde.
Convergieron múltiples motivos e intereses para su derrocamiento. El principal es haber impuesto una feroz dictadura, violando sistemáticamente los derechos humanos, cuyos testimonios se encuentran en los documentos del “Archivo del Terror”, descubierto por Martín Almada en 1992.
El Brasil le otorgó refugio político, conocido también como el “exilio dorado”, hasta su muerte acaecida el 16 de agosto de 2006. El dictador contaba con 93 años de edad.
