Desde fines de 1852, la Argentina estuvo dividida en dos estados separados, sin más relación que la diplomacia y el comercio: la Confederación Argentina, formada por las trece provincias del interior, y el Estado de Buenos Aires, formado por la actual provincia de Buenos Aires. 
La división se había originado por la negativa de Buenos Aires a refrendar el Acuerdo de San Nicolás y a participar en la sanción de la Constitución Argentina de 1853. Y ambos Estados entraron en beligerancia
El Pacto Unión San José de Flores, Pacto de Unión Nacional, Convenio de Unión más conocido como Pacto de San José de Flores, fue un tratado firmado bajo la mediación del general Francisco Solano López, entre la Confederación Argentina y el Estado de Buenos Aires el día 11 de noviembre de 1859, después de la batalla de Cepeda en la que Urquiza venció a Buenos Aires. Los firmantes fueron Juan Bautista Peña y Carlos Tejedor, como representantes del Estado de Buenos Aires, Tomás Guido, Daniel Aráoz y Juan Esteban Pedernera por la Confederación.
La primera parte del convenio de paz decía:
“Por cuanto: habiendo sido celebrado un Convenio de paz y fraternidad, entre los Comisionados nombrados por nuestra parte y por el Gobierno de Buenos Aires con la mediación amistosa del Excmo. Gobierno de la República del Paraguay cuyo tenor es como sigue:
El Excmo. señor presidente de la Confederación Argentina y Capitán General de sus Ejércitos y el Excmo. Gobierno de Buenos Aires habiendo aceptado la mediación oficial en favor de la paz interna de la Confederación Argentina, ofrecida por el Excmo. Gobierno del Paraguay, dignamente representado por el Excmo. señor Brigadier General don Francisco Solano López, Ministro Secretario de Estado en el Departamento de Guerra y Marina de dicha República, decididos a poner término a la deplorable desunión en que ha permanecido la República Argentina desde 1852 y a resolver definitivamente la cuestión que ha mantenido a la Provincia de Buenos Aires separada del gremio de las demás que constituyeron y constituyen la República Argentina, las cuales unidas por el vínculo federal reconocen por ley fundamental la Constitución sancionada por el Congreso Constituyente en 1° de mayo de 1853, acordaron nombrar Comisionados por ambas partes, plenamente autorizados para que discutiendo entre sí, y ante el mediador, con ánimo tranquilo y bajo la sola inspiración de la paz y del decoro de cada una de las partes, todos y cada uno de los puntos en que hasta aquí hubiese disidencia, entre las Provincias Confederadas y Buenos Aires, hasta arribar a un Convenio, de perfecta y perpetua reconciliación quedara resuelta la incorporación inmediata y definitiva de Buenos Aires a la Confederación Argentina.
Pero el esfuerzo de Francisco Solano López fue en vano, porque por este acuerdo que en teoría se ponía fin a secesión de Buenos Aires con respecto a la Confederación, en los hechos no se cumpliría. De hecho, se convalidaba la continuidad de las autoridades porteñas enemigas de la Confederación, con lo que se abría la posibilidad de mantener la secesión y el estado de guerra, cosa que ocurrió. La inexplicable renuncia de Urquiza a cobrar su victoria arrastraría a la continuación de la lucha, los acontecimientos de Pavón y el derrumbe de la Confederación Argentina
